In X-MEN: DARK PHOENIX nemen de X-MEN het op tegen hun meest formidabele en krachtigste tegenstander ooit: iemand uit hun eigen familie, Jean Grey. Tijdens een reddingsmissie in de ruimte wordt Jean geraakt door een mysterieuze buitenaardse kracht. Ze overleeft het incident ternauwernood. Terug op aarde maakt deze buitenaardse kracht haar niet alleen oneindig veel sterker, maar ook veel instabieler. Worstelend met deze entiteit in haar komen Jean’s nieuwe krachten tot uiting op een manier die ze niet kan begrijpen, noch controleren. Als Jean de controle volledig kwijtraakt en ze iedereen van wie ze houdt pijn doet, zorgt ze voor barsten in het fundament van de X-MEN. Nu de X-MEN-familie uit elkaar dreigt te vallen, zullen ze een manier moeten vinden om samen te werken – niet alleen om Jean’s ziel te redden, maar ook om de aarde te beschermen tegen buitenaardse krachten die haar als wapen willen gebruiken en het heelal willen veroveren.