De bemanning van de Enterprise wordt teruggeroepen naar de Aarde, waar blijkt dat de Starfleet en alles waar die voor staat, is vernietigd door een onstuitbare bedreiging vanuit hun eigen organisatie.

In een wereld die in crisis verkeert en meer weg heeft van een oorlogsgebied leidt Captain Kirk de klopjacht op de levensgevaarlijke dader, met wie hij nog een persoonlijke rekening te vereffenen heeft. Er volgt een groots strategisch schaakspel op leven en dood. Liefdesrelaties en vriendschappen komen onder druk te staan en offers moeten worden gemaakt voor de enige familie die Kirk nog heeft: zijn bemanning.