Het waren onwaarschijnelijke bondgenoten onder het mom van: 'de vijand van mijn vijand is mijn vriend'. Ondanks dat beide landen ieder aan de andere kant van dewereld vochten en geheel verschillende indeologieën aanhingen, werkten Japan en Duitsland intensief damen tijdens de Tweede Wereldoorlog.

Met behulp van documenten, herinneringen van soldaten en commentaar van vooraanstaande histori, vertelt Samurai and the Swastika het verhaal van de strategie alliantie tussen deze destijds kwade krachten. De documentaire laat zien hoe de Japanse strijders de Duitsers bevoorraade met de noodzakelijke oorlogsmatrialen en hoe de Duitsers op hun beurt, technologie deelden met de Japanners.

Met behulp van computeranimaties wordt getoond hoe Japan het Panama Kanaal plande te vernietigen zodat de Amerikanen bijna geen toegang meer hadden tot de Grote Oceaan.

Samerai and the Swastika toont unieke beelden van het begin van het bondgenootschap tot en met het einde van de oorlog.