In het eerste seizoen van Prisoners of War zien we hoe Nimrode en Uri, twee Israëlische militairen, na zeventien jaar krijgsgevangenschap eindelijk vrij komen. In de periode die volgt hebben ze veel moeite om het leven in de burgermaatschappij weer op te pakken. Daarbij komen er ook steeds meer aanwijzingen aan het licht over wat zich tijdens hun gevangenschap in werkelijkheid heeft afgespeeld. Aan het begin van het tweede seizoen zijn Nimrode en Uri geschokt door de ontdekking dat Amiel Ben Horin nog leeft en als moslim in Syrië blijkt te wonen. De twee nemen contact op met Haim en vragen hem dringend een onderzoek in te stellen. Is Amiel overgelopen? Is hij lid geworden van de terroristische organisatie die hem destijds ontvoerde en hem vervolgens zeventien jaar gevangen hield? Intussen wordt Amiel zelf verscheurd door twijfels. Zal hij kiezen voor gezin en vaderland of voor de kans op een nieuw leven in vrijheid?