De familie Holgersson woont in Zweden op een kleine boerderij met hun enige zoon Nils. Nils is niet zo vriendelijk tegen de dieren op de boerderij en plaagt hen vaak. Als hij op een dag een kabouter vangt en weigert hem vrij te laten, spreekt de boze kabouter een betovering uit over de jongen. Nils en zijn hamster Kruimel worden zo klein als een duim! Terwijl Nils en Kruimel zich verstoppen voor de andere dieren op de boerderij, passeert een groep wilde, vliegende ganzen. Zij roepen de dieren op om mee te vliegen naar warmere oorden en vrij te zijn!