Wie kent ze niet: de Muppets! Ze zijn weer helemaal terug in dit knotsgekke, buitenaardse en 'Men In Black'-achtige avontuur 'Muppets uit de ruimte', waarin Gonzo op zoek gaat naar zijn afkomst. Samen met zijn vriendje Rizzo de Rat probeert Gonzo te ontdekken of hij nog familie heeft en waar deze vandaan komt. Tot zijn grote verbazing ontdekt hij dat zijn familie niet alleen bestaat maar dat het ook nog ruimtewezens zijn van een verre planeet! Als hij in de talkshow van Miss Piggy vertelt dat hij er het bewijs van is dat wij niet alleen zijn in het Universum, wordt hij achtervolgd door K., een geheimzinnige meneer van de regering, die helemaal niet wil dat Gonzo dit verhaal zo maar aan iedereen vertelt. Gonzo krijgt het nu wel heel moeilijk, hij is niet alleen op de vlucht voor de regering maar hij moet ook nog eens beslissen of hij meegaat aan boord bij zijn familie (die hij nu eindelijk gevonden heeft) of dat hij bij zijn geliefde vriendjes op de aarde blijft.