In 1984 wordt de Noorse diplomaat Arne Treholt gearresteerd op verdenking van hoogverraad. Hij wordt tot twintig jaar cel veroordeeld maar houdt tot op de dag van vandaag vol dat hij onschuldig is. Kommandør Treholt & His Ninja Troops werpt een nieuw licht op de gebeurtenissen die tot Treholts arrestatie leidden.

In deze versie van de geschiedenis is Treholt geen spion maar een ninja, door Koning Olav geselecteerd als leider van een geheim elitecorps. Teruggetrokken op een eiland voor de Noorse kust onderwerpen zij zich aan een uitgebreid trainingsprogramma dat hen opleidt tot echte ninja's. Als ze ontdekken dat de NAVO van plan is om een staatsgreep te plegen, komen Treholt en zijn Ninja Force in actie.