Aan het eind van hun dienstperiode krijgt de bemanning van de Uss Swordfish opdracht de aanwezigheid van Duitse onderzeërs te onderzoeken. Na vele maanden op zee zijn kapitein Rand Sullivan (Scott Caan) en eerste stuurman Nathan Travers (William H. Macy) erg moe, maar omdat de jonge bemanning tegen hen opkijkt, zetten ze hun bedenkingen opzij en voeren ze het bevel uit.

Ze komen een Duitse onderzeeër op het spoor en vernietigen hem. Lang kunnen ze niet genieten van dit succes, want kort erna wordt de Swordfish tot zinken gebracht door de U-429. De overlevenden wordt als krijgsgevangene aan boord gebracht bij de Duitse onderzeeër. Onderweg naar een tankstation ontdekken ze dat één van de mannen besmet is met meningokokken, een extreem besmettelijke bacterie die hersenvliesontsteking veroorzaakt en binnen enkele dagen tot de dood kan leiden als hij niet behandeld wordt.

Het tankstation blijkt verwoest te zijn door een Amerikaans oorlogsschip. De Duitse kapitein neemt wraak door een torpedo af te vuren, met vele slachtoffers tot gevolg.

Terwijl de onderzeeër op de bodem van de zee wacht tot de kust veilig is, verspreidt de ziekte zich over de hele boot en doodt twee derde van de Duitse bemanning. Om te overleven ziet de kapitein geen andere oplossing dan de hulp in te roepen van de Amerikaanse krijgsgevangen. Maar dat heeft ernstige gevolgen…