De genialiteit van uitvinder Flint Lookwood wordt eindelijk erkend wanneer hij de kans krijgt om voor zijn idool Chester V te komen werken. In het bedrijf ontwikkelen de beste en slimste uitvinders allerhande technologieën om de mensheid vooruit te helpen. Flint's droom om ook een grote uitvinder te worden, dreigt in het water te vallen als hij erachter komt dat zijn meest beruchte machine (die water omzet in voedsel) nog steeds actief is en nu gebruikt wordt om voedsel en dieren te kruisen tot 'Hapvee'! Met het lot van de mensen in zijn handen, begint Flint samen met zijn vrienden aan een overheerlijk-gevaarlijke missie. De bende moet vechten tegen hongerige Tacodillen, Garnapen, Appelboa's, Double Bacon Cheespinnen en ander Hapvee om de wereld opnieuw te redden!