Het mysterie van de twee universums breidt zich verder uit in de 22 afleveringen van het enthousiast ontvangen derde seizoen van de spannendste sciencefictionserie van dit moment. Het Fringe-team ontsnapt uit het parallelle universum – zonder Olivia. Zij zit gevangen in de andere wereld. Haar plaats in onze wereld wordt ingenomen door haar dubbelganger, die de aarzelende relatie tussen Peter en Olivia verandert in een liefdesaffaire. Als Olivia terugkeert, raken vertrouwensbanden beschadigd, treden er steeds meer bizarre en beangstigende verschijnselen op en kunnen geheimen die teruggaan tot 1985 het einde betekenen voor ons universum. Of dat van hun.