Seizoen 3 van FALLING SKIES begint zeven maanden nadat het 2de Mass-regiment aangekomen is in Charleston. In de tussentijd is Tom verkozen tot president van New Charleston, maar heeft hij zijn handen vol terwijl de strijd om het voortbestaan van de mensheid voortduurt. De verzetsgroep moet het nu opnemen tegen een vijand die vindingrijker, meer aanwezig en nog meedogenlozer is geworden. Maar de 2de Mass heeft misschien een voordeel wanneer zij hulp krijgen van nieuwe sterke buitenaardse bondgenoten. Het universum staat aan hun zijde nu wezens van een andere wereld strijden om de bevrijding van de Aarde. Vluchten kan niet meer, terugtrekken is niet meer mogelijk. Nu is het moment voor standvastigheid. Nu is het moment om te vechten.