Balibo is een aangrijpende politieke thriller die het ware verhaal vertelt van misdaden die meer dan dertig jaar verzwegen zijn. Een verhaal dat begint met vijf moedige journalisten die in 1975 verslag willen doen van het Indonesische machtsvertoon in Oost-Timor. Ver komen ze niet. Middenin het crisisgebied verdwijnen de Balibo Five van de aardbodem.

Op het moment dat Indonesië zich voorbereid op militair ingrijpen in Oost-Timor, verdwijnen vijf journalisten van Australische TV stations die zich op het Aziatische eiland ophielden. Vier weken later laat de ervaren oorlogscorrespondent Roger East zich overhalen om het crisisgebied te bezoeken. Op uitnodiging van de jonge en charismatische José Ramos-Horta maakt hij kennis met het bedreigde landje en hoort hij van de vermiste journalisten. Terwijl de spanningen in het land toenemen gaat East op onderzoek uit. Als blijkt dat de journalisten in koelen bloede zijn vermoord realiseert East zich dat ook hij gevaar loopt.