Na een lang gevecht met het bloeddorstige monster, de Alien, is Ellen Ripley (Sigourney Weaver) dood. 200 jaar en acht huiveringwekkende experimenten later, herrijst ze uit de dood. Een groep wetenschappers heeft haar gekloond, met de Alienmoeder in haar lichaam, om zo het perfecte wapen te ontwikkelen. Maar zowel de herboren Ripley als de Aliens zijn voor de wetenschappers een groot raadsel en niet te temmen!