In de jacht op de moordenaar van de koningin van het Twin Peaks-schoolbal, Laura Palmer, worden de kaarten geschud voor agent Dale Cooper (Kyle MacLachlan). Na zijn terugkonst in het Great Northern Hotel wordt hij door een mysterieuze aanvaller neergeschoten. Cooper overleeft het incident en terwijl hij herstelt, duikt als uit het niets een reus op die hem enkele bizarre aanwijzingen over de moord op laura geeft. Na een brand in de molen blijken enkele bewoners - en mogelijke verdachten - vermist te zijn. Ook wordt Laura Palmer;s geheime dagboek gevonden. Daarin staan details die Laura in een geheel ander daglicht stellen.