Le Bureau is gebaseerd op echte verhalen van voormalige spionnen en geïnspireerd door hedendaagse gebeurtenissen. De serie concentreert zich op het dagelijkse leven en de missies van agenten binnen het Franse directoraat-generaal van de Externe Veiligheid , de belangrijkste externe veiligheidsdienst. Het Bureau des Legendes, is verantwoordelijk voor het opleiden van geheim agenten (opererend 'onder des Legendes') op lange termijn missies in gebieden met Franse belangen. Vooral in Noord-Afrika en het Midden-Oosten. Deze agenten leven al jaren onder een valse identiteit en hebben als missie het identificeren en rekruteren van goede inlichtingenbronnen. De serie gaat over inlichtingenofficier Guillaume Debailly, codenaam Malotru die terugkeert naar Parijs na zes jaar undercover te hebben gewerkt in Damascus. Hij gaat de uitdaging aan om opnieuw contact te maken met zijn dochter, ex-vrouw, collega's en zelfs zijn oude zelf. Maar zijn terugkeer naar het 'normale leven' blijkt moeilijk, zeker als hij ontdekt dat Nadia, die in Damascus zijn geliefde was, nu ook in Parijs is. Het eerste seizoen volgt zijn pogingen om volgens de regels te leven als spion en zijn zwakke relatie met Nadia.