De mutanten leven in een wereld waarin ze niet worden vertrouwd. Het wordt echter nog erger wanneer een nieuwe vijand de aanval inzet. Zijn extreme krachten verraden dat het om een mutant gaat. Het volk keert zich nog feller tegen de mutanten en legerleider Stryker krijgt daardoor meer steun in zijn strijd tegen de X-Men.

Om Stryker te stoppen zal Professor Xavier moeten samenwerken met aartsvijand Magneto: de X-Men bereiden zich voor op de gevaarlijkste missie ooit.

De tweede film uit de 'X-Men' reeks werd opnieuw geregisseerd door Bryan Singer ( The Usual Suspects). Ook de cast bestaat weer uit dezelfde personen: zoals Patrick Stewart als Professor Charles Xavier, Hugh Jackman als Wolverine, Ian 'Gandalf' McKellen als Magneto en Halle Berry als Storm.