Mary Queen of Scots verkent de turbulente levensloop van de charismatische Mary Stuart (Oscar-genomineerde Saoirse Ronan). Wanneer Mary – koningin van Frankrijk met 16 jaar – twee jaar later weduwe wordt, weigert ze te hertrouwen. Ze verkiest naar Schotland terug te keren om er haar rechtmatige troon op te eisen. Door haar geboorte kan ze ook aanspraak maken op de troon van Elizabeth I (Oscar -genomineerde Margot Robbie), Koningin van Engeland. Vastbesloten om zich niet zomaar als marionet te laten wegzetten, brengt Mary’s aanspraak op de Engelse troon Elizabeths soevereiniteit in het gedrang. De twee Koninginnen zijn machts- en liefdesrivalen, maar qua huwelijk en kinderen maken ze erg uiteenlopende keuzes. Hun hoven – broeihaarden van verraad, rebellie en complotten – drijven hen steeds verder uiteen. Ze ontdekken dat de macht die ze torsen, een bittere tol eist.