Slachtoffer of dader, als het jouw beurt is, zullen we je vinden. De machine komt met nog een spannend seizoen van potentiële misdaden die voorkomen moeten worden door de technische ingenieuze miljardair Harold Finch en voormalig CIA-officier John Reese.

Vijanden uit het verleden van geheim agent Reese en ex-collega's van Finch toen hij nog voor de regering werkte, bedreigen de missie van het team dat anoniem misdaad probeert te bestrijden. Tegelijkertijd overbluffen de NYPD detectives Carter en Fusco de onderzoeken van de FBI en de gevaarlijke tentakels van politiecomplotten, die 'HR' worden genoemd.